Автомобиль вновь появился в сентябре 1998 с изменённой ходовой частью и другими обновлениями. Новое поколение стало немного короче предыдущего, и передняя ось стала ближе к фронту. Клапанные крышки были покрашены в блестящий красный, вместо чёрного, который наносился на них в прошлых поколениях. Были также усовершенствованы турбокомпрессоры. Специально для этого автомобиля была спроектирована новая, более прочная 6-ступенчатая коробка передач GETRAG. На моделях V-spec появились датчики температуры интеркулера. На R34 GT-R устанавливался 5.8" LCD дисплей, позволяющий просматривать такие параметры, как давление турбонаддувов, температуру масла и охлаждающей жидкости, а для V-spec, также график продольных и поперечных кренов и время круга в кольцевых гонках.
Также, как и поколение R33, новые модели R34 GT-R V-spec оснащались ATTESA E-TS Pro system, но на стандартные GT-R системы «Pro» не устанавливались. Версии V-spec получили более устойчивую подвеску и заниженную посадку. Модели V-spec также включали располагающийся на капоте пластмассовый диффузор, (охлаждающий нижнюю сторону двигателя), и карбоновый диффузор, разработанный, чтобы направлять под автомобиль гладкие потоки воздуха.

Технические характеристики:

В августе 1999 Nissan показал новую модель под названием V-spec II. Автомобиль получил довольно жесткую подвеску (гораздо жестче, чем на оригинальном V-spec). На новой версии появился карбоновый капот, который легче алюминиевого, ранее устанавливаемого на всех GT-R. Ещё одно отличие V-spec II от оригинала — это более тёмный цвет центральной консоли. Также, сиденья были сшиты из чёрной ткани, а не серой, ранее используемой на других версиях R34 GT-R.
В феврале 2002 Nissan выпустил последнюю модель серии R34 GT-R, называемую Nür. Она продавалась в 2 версиях: Skyline GT-R V-spec II Nür и Skyline GT-R M-spec Nür. Название Nür было дано в честь знаменитой гоночной трассы Нюрбургринг (Nürburgring) в Германии. Обе версии были оборудованы модернизированным двигателем RB26DETT на базе двигателя N1, который позволял автомобилю развивать скорость около 300 км/ч.